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Etudiants et recherche

L'unité est fortement impliquée dans la formation par la recherche. Le TAGC est un laboratoire d'accueil pour le Master de Bioinformatique, Biochimie Structurale et Génomique, le Master de Pathologies Humaines, et le Master de Développement et d'Immunologie de l'Université d'Aix-Marseille. Les chercheurs et enseignants-chercheurs statutaires dirigent actuellement la thèse d'une quinzaine de doctorants de l'École doctorale des sciences de la vie et de la santé (EDSVS) avec plusieurs spécialités (immunologie, oncologie, maladies infectieuses, génomique et bioinformatique), la  spécialité la plus représentée étant la spécialité génomique et bioinformatique.

Etudiants en Master 2 (année 2015-2016)

  • Jeanne Cheneby
  • Alexandre Chuyen
  • Alexandre Espana
  • Thuy Linh Le

Soutenances de doctorat depuis 2010

Ramy Ragheb le 15 décembre 2016: L'étude de l'interaction infection/inflammation chez la drosophile. Directeurs de thèse : Catherine NGUYEN, Laurence RODER

Mohamed Belhocine le 13 décembre 2016 : Etude bioinformatique des longs ARN non codants impliqués dans la différentiation des lymphocytes T et les leucémies. Directeurs de thèse : Salvatore SPICUGLIA, Vahid ASNAFI

Yasmine Labiad le 8 novembre 2016: Contribution de l’approche transcriptomique dans la physiopathologie et le traitement des hémopathies malignes. Directeur de thèse: Régis COSTELLO et Catherine NGUYEN

Geoffroy Venton le 5 octobre 2016: APPROCHE TRANSVERSALE ET FONDAMENTALE DES PROBLEMATIQUES CLINIQUES EN ONCOHEMATOLOGIE: Évaluation de l’efficacité des inhibiteurs de l'Aldéhyde Déshydrogénase sur les cellules souches hématopoïétiques leucémiques et de leur innocuité sur les cellules souches hématopoïétiques normales. Directeur de thèse: Régis COSTELLO

Minh Nguyen le 15 septembre 2016: Défauts fonctionnels, mécanismes moléculaires et réseaux d'expression des gènes de la LVNC dans la souris mutante pour Nkx2-5. Directeur de thèse: Nathalie LALEVEE

Lan Dao le 15 septembre 2016: Découverte des nouvelles classes d'éléments cis-régulateur par une approche gene-rapporteur à haut débit. Directeur de thèse : Salvatore SPICUGLIA

Thy Ngoc NGUYEN le 18 décembre 2015: Prédisposition génétique au paludisme à Plasmodium falciparum: études d'association et analyses fonctionnelles de variants génétiques candidats situés dans des régions liées génétiquement au paludisme. Directeur de thèse: Pascal RIHET.

Denis SEYRES le 6 novembre 2015: Identification et analyse de régions cis-régulatrices actives dans le tube cardiaque au cours de embryogenèse chez Drosophila melanogaster. Directeur de thèse: Laurent PERRIN.

Aurélien GRIFFON le 2 juin 2015: Analyse de la complexité des éléments cis-régulateurs chez les mammifères en utilisant des approches à haut débit. Directeurs de thèse: Benoît BALLESTER et Salvatore SPICUGLIA.

Audrey BRISEBARRE le 3 décembre 2014: Recherche de facteurs génétiques impliqués dans la résistance au paludisme et au sepsis : études pangénomiques de liaison génétique et d’association, intégration de données d’association aux réseaux d’interactions protéine-protéine. Directeur de thèse : Pascal RIHET

Nathalie SAKAKINI le 2 décembre 2014: Role du facteur de transcription EGR1 dans le controle de l'autorenouvellement des cellules souches de glioblastome. Directeurs de thèse : Jean IMBERT, Thierry VIROLLE

Céline BAIER le 1er décembre 2014:   Caracterisation des cellules Natural Killer dans la polygobulie de Vaquez et etude l'expression des natural cytotoxicity receptors dans la leucemie aigue myeloide. Directeur de thèse : Régis COSTELLO

Séverine GARNIER le 4 février 2014: Etude des facteurs influençant la susceptibilité de l'hôte au paludisme: effet de facteurs génétiques et de l'état inflammatoire . Directeur de thèse : Pascal RIHET et Catherine NGUYEN

Benoit ROBISSON le 4 novembre 2013: Méthodes de classification de réseaux d'interactions protéine-protéine et évaluations pour l'étude de la fonction. Directeur de thèse : Christine BRUN

Luca GRIECO le 3 mai 2013: Modélisation et analyse des déregulations tumorales du reseau MAPK chez l'homme. Directeurs de thèse : Denis THIEFFRY,  Brigitte KAHN-PERLES

Abibatou MBODJ le 17 décembre 2012: Modélisation dynamique qualitative de la différenciation du mésoderme chez Drosophila melanogaster. Directeur de thèse : Denis THIEFFRY

Carole SANCHEZ le 14 décembre 2012: Analyse des sous populations lymphocytaires, et plus particulièrement les cellules NK, dans la polyglobulie primitive. Directeurs de thèse : Régis COSTELLO, Jean IMBERT

Cyrille LEPOIVRE le 14 novembre 2012: Apports de l'analyse et l'intégration de données génomiques dans le cadre de l'étude de la transcription et des réseaux de régulation dans le système hématopoïétique. Directeurs de thèse : Christine BRUN, Denis PUTHIER

Sarwat AFRIDI le 12 juillet 2012: Influence de variants génetiques candidats sur des phenotypes liés au paludisme à P.falciparum et effet fonctionnel du polymorphisme NCR3-412 associés au paludisme. Directeur de thèse : Pascal RIHET

Aurélie BERGON le 6 février 2012: Développement d’outils et méthodes bioinformatiques pour l’étude de l’expression des gènes et de leur régulation : application aux pathologiesDirecteur de thèse : Jean IMBERT. Codirecteur de thèse : Denis PUTHIER

Youssef EL HAJJ le 19 décembre 2011: Etude des propriétés fonctionnelles des composés phénoliques du raisin cultivé au liban. Directeur de thèse : Catherine NGUYEN. Codirecteur de thèse : Richard MAROUN

Elodie DARBO le 16 décembre 2011: Identification d'éléments cis-régulateurs communs aux gènes précocément induits pendant l'activation zygotique chez drosophila melanogaster. Directeur de thèse : Denis THIEFFRY. Codirecteur de thèse : Jacques VAN HELDEN

Miriam YAMMINE le 12 décembre 2011 : Caractérisation du gène Spatial et identification de sa fonction dans les cellules hautement polarisées. Directeur de thèse : Catherine NGUYEN

Claire CAMUS le 15 septembre 2011: La transcriptomique au service d’une médecine personnalisée : Caractérisation physiopathologique et prédiction de réponse thérapeutique. Cas de l’infection par le Virus de l’Hépatite C et de la Polyarthrite Rhumatoïde .  Directeur de thèse : Catherine NGUYEN. Codirecteur de thèse: Philippe BENECH

Delphine POTIER le 12 juillet 2011: Approches in silico et in vivo pour l'étude de la régulation transcriptionnelle: application à la cardiogenèse chez D.melanogaster. Directeur de thèse : Laurent PERRIN. Codirecteur de thèse : Carl HERMANN

Julien TEXTORIS le 30 juin 2011: Réponse à l'infection : apport du transcriptome. Directeur de thèse : Catherine NGUYEN

Alexandre ATKINSON le 24 juin 2011: Contribution à l'identification de facteurs de résistance au paludisme à Plasmodium falciparum chez l'homme : analyses d'association familiale et d'interaction génétique de l'IL12B, de HS3ST3A1, de HS3ST3B1 et de l’HBB.Directeur de thèse : Pascal RIHET

Ouissem SOUIAI le 15 juin 2011: Analyses et prédictions bioinformatiques de réseaux d'interactions protéine-protéines contextualisés. Directeur de thèse : Christine BRUN

Pierre CAUCHY le 15 décembre 2010: Role et contexte transcriptionnel du facteur de transcription Ets1 au cours de la thymopoïèse αβ. Directeur de thèse : Jean IMBERT. Codirecteur de thèse : Jean-Christophe ANDRAU

Enseignement

Les enseignants de l'unité (2 PU, 1 PU-PH et 4 MCU) sont impliqués à tous les niveaux de l'enseignement à l'Université d'Aix-Marseille, et sont responsables de différents modules et cours (Master de Bioinformatique, Biochimie Structurale et Génomique) (BBSG). Les chercheurs et les enseignants-chercheurs du laboratoire participent à plusieurs formations à l'étranger (Liban, Burkina Faso, Brésil, Congo, Vietnam). Les collaborations avec l'Université Saint-Joseph au Liban (2003), l'Université Marien Ngouabi au Congo (2007), et l'Université de Sao Paulo au Brésil (2000) datent de plusieurs années. Celle du Vietnam vient de commencer (2011), mais elle s'inscrit dans la durée; plusieurs personnes du laboratoires sont fortement impliquées dans le master de Biotechnologie de l'Université d'Hanoi (USTH).

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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